ד"ר לי כהנר היא גיאוגרפית חברתית, ומרצה בכירה במחלקה לגיאוגרפיה ולימודי סביבה במכללה האקדמית לחינוך אורנים.
בשנת 2023 נכנסה לתפקיד דיקנית הפקולטה למדעי החברה והרוח, בשנים 202-2023 כהנה בתפקיד ראש החוג לגיאוגרפיה, ובשנים 2018-2019 כהנה כראש רשות המחקר באורנים.
ד"ר כהנר עמיתת מחקר בתכנית המחקר "חרדים בישראל" במכון הישראלי לדמוקרטיה. בשנת 2018 היתה כהנר חוקרת אורחת במכון בן גוריון לחקר ישראל והציונות באוניברסיטת בן גוריון במסגרת שנת השבתון.
מחקריה עוסקים, בין היתר, בהתפתחות המרחב החרדי בישראל (תחום המחקר העיקרי), במחקר אודות הקבוצות החרדיות המודרניות, תעסוקת נשים חרדיות והשכלה לאוכלוסייה החרדית.
לאורך השנים היתה כהנר חברה בצוותי חשיבה ותכנון של משרדי הממשלה העוסקים במרחב החרדי: ביניהם משרד השיכון, משרד התחבורה, העבודה, הכלכלה, הפנים והאוצר.
ספרה 'חרדיות מודרנית – מעמד ביניים חרדי בישראל' (בשיתוף עם ד"ר חיים זיכרמן) התפרסם בסוף שנת 2012, היתה עורכת אורחת בכתב העת תרבות דמוקרטית בקובץ מאמרים בנושא "חרדיות מודרנית" (2017), ספרה 'החברה החרדית על הציר שבין שמרנות למודרניות' התפרסם בשנת 2020 והיא עורכת שותפה ב"שנתון החברה החרדית בישראל" היוצא כל שנה בהוצאת המכון הישראלי לדמוקרטיה (התפרסם 2023, 2022, 2021, 2020, 2019 2016,2017,2018).