הלימודים בחוג ל-מחשבת ישראל מעניקים תואר ראשון ומאפשרים העמקה במעגלי החיים היהודיים ובשאלות של עיצוב תרבות, זהות יהודית מודרנית וחינוך ערכי בבית הספר ובקהילה.
חיי רוח בעולם המודרני; משמעות החיים; חיפוש אלוהים ו-ויתור עליו; יחיד וקהילה; תפילת האדם; ישראל הקטנה או ארץ ישראל הגדולה; בניית ההווה או החייאת העבר; מסע החיים (לידה, בר מצווה, נישואין ומוות וכל מה שביניהם); חגים ומועדים; מסע בזמן לעולמות היהודיים שהיו ונעלמו; זיכרון השואה, המסע לפולין; מדינת ישראל ומשמעותה; זהות יהודית וישראלית, תפיסת היהדות כתרבות (ומנגד הבנתה כדת), שאלות של דת ומדינה, ישראל והתפוצות; קשר לתרבויות שכנות (נצרות ואסלאם) - בנושאים הללו עוסקות השאלות שאנו שואלים בחוג.
הלימודים בחוג מתחלקים לארבעה תחומים:
ספרות חז"ל (משנה, תלמוד, מדרש), הגות ימה"ב (פילוסופיה, הלכה, תפילה), ספרות המיסטיקה (קבלה, חסידות), הגות מודרנית.
הלומדים בחוג מוזמנים להצטרף לתכנית ייחודית להכשרת מורים כמובילי מסעות נוער לפולין.
מהם הטקסטים שאנו לומדים? תלמוד, מדרש ואגדה, מיסטיקה יהודית (קבלה וחסידות); הגות ימי הביניים (רס"ג, רבי יהודה הלוי, רמב"ם, רמב"ן); תפילה והלכה; מחשבה מודרנית (שפינוזה, מנדלסון, ש"ר הירש, סולובייצ'יק, לייבוביץ) ופוסט מודרנית (בובר, רוזנצוייג, השל, לוינס, הגות בפרספקטיבה של נשים ועוד);
הלימודים בחוג מאפשרים העמקה ב-מעגלי החיים היהודים: לוח השנה, משמעות החגים לחיי האדם בן ימינו, הכרת טקסי המעבר כגון לידה, בר מצווה ונישואין, ועיצוב טקסי החג באורח משמעותי בבתי הספר ובמסגרות קהילתיות אחרות.
הלימודים בחוג מקנים שפה תרבותית וערכית עשירה - תשתית ל-"שעורי מחנך" ולפעילות בית ספרית מגוונת, ידע בסיסי בסדר היום של העם היהודי בימינו, ובוגרי החוג יכולים להשתלב בתוכניות חינוך העוסקות ביהדות זמננו ובעבודה חינוכית בתפוצות..
הלימודים בחוג מאפשרים מפגש מתמשך עם תרבויות שכנות ועם מגוון האוכלוסיות בצפון ישראל. מקבץ "עולמות נפגשים: יהדות-נצרות-אסלאם" מעודד מורים ופעילים בקהילה לעסוק בשיח בין הדתות והתרבויות בחברה הישראלית.
סטודנטים המעוניינים בחשיבה פילוסופית יהנו מההיבט הפילוסופי שיש לרבים מהקורסים בחוג, כמו גם במקבץ "פילוסופיה".
הלימודים בחוג מצטיינים בגישה תרבותית-פלורליסטית, בחיבור שבין עיון ואקטואליה ובשילוב שבין מחקר ובין מעורבות אישית בנושאים הנלמדים. לומדים בחוג תלמידים מכל חלקי החברה בישראל, חילוניים, מסורתיים ודתיים, וותיקים ועולים חדשים, כמו גם סטודנטים לא יהודים